工場建設時に杭工事されているけど、土間の沈下は起こるのか。

これに関しては、当然起こるものとなります。

杭で床を支えている訳ではありませんし

また、地面が下がれば、当然床下は空洞化してしまいます。

建設当時のデータで安心する事はリスクから目を背ける事になります。